Период расцвета Херсонеса и Боспора оказался непродолжительным. Уже в конце IV в. и особенно с первой половины III в. до н. э. скифы и, вероятно, находящиеся под их влиянием тавры оказывают сильное военное давление на "полисы". В последнем десятилетии II в. до н. э. Херсонес в критическом положении, когда скифские войска осадили город, обратился за помощью к Понтийскому царству (расположенному на южном берегу Черного моря). Войска Понты прибыли в Херсонес и сняли осаду. В последующих военных действиях скифы и их союзники были разбиты, войска Понты овладели главными крепостями скифов Неаполя и Хабеями. Одновременно войска Понты взяли штурмом Пантикапей и Феодосию. После этого и Боспор, и Херсонес были включены в состав Понтийского царства. В начавшейся упорной борьбе Понты с Римом, вылившейся в форму трех войн победил Рим. В I веке до н. э. Херсонес и Боспор попадают в зависимость от Римской республики, а затем империи вплоть до III в. н. э.
        Скифское государство просуществовало до III в. н. э., когда было разгромлено новой силой, появившейся в Крыму, - готами. Германское племя готов, первоначально живших в районе Балтийского моря, во II веке н. э. двинулось на юг и в 258 г. проникло в Крым. Уничтожив здесь скифское государство, они, однако, не создали своего: вероятно, готы, расселившись по Крыму, постепенно ассимилировались с местными племенами.
        Под ударами готов начинается быстро прогрессирующий упадок Боспора. К середине III в. Боспор вступает в соглашения с местными племенами кочевников, предоставляя им свой флот для морских набегов на побережья Черного, Мраморного и Эгейского морей. В 70-х годах IV в. н. э. на территорию Боспора вторглись гунны (сильный племенной союз сложившийся в степях и пустынях Центральной Азии). Боспорские города и поселения были превращены в груды развалин, жизнь в них прекратилась.
        Херсонес, находившийся в стороне от главных путей гуннского вторжения, уцелел. В V веке он переходит в подчинение Византийской империи и до конца своей активной истории остается ее форпостом в Крыму. В это же время здесь утверждается христианство. В конце VI века в Крыму появляется новая волна завоевателей - это хазары, потомками которых считаются караимы. Они заняли весь полуостров, за исключением Херсона (так называется Херсонес в византийских документах). С этого времени город начинает играть заметную роль в истории империи. В 705 г. Херсон отделяется от Византии и признает хазарский протекторат. На что Византия в 710 г. отправляет карательный флот с десантом. Падение Херсона сопровождалось небывалой жестокостью, но не успели войска покинуть город, как он снова восстал. Объединившись с изменившими Византии карательными войсками и союзниками хазарами, войска Херсона вступают в Константинополь и ставят своего императора.